Eén gebeurtenis staat symbool voor de godsdienstige en politieke ontwikkelingen die in de zestiende eeuw in en rond de Zuiderzee plaatsvonden, namelijk de Slag op de Zuiderzee. De beheersing van de Zuiderzee was militair-strategisch van groot belang. Dit bleek toen in 1572 enkele steden in Holland, zoals Enkhuizen, Medemblik en Hoorn, de zijde kozen van Willem van Oranje. De Watergeuzen werden hierdoor in de gelegenheid gesteld de belangrijkste havenstad die op dat moment nog in Spaanse handen was, Amsterdam, te blokkeren. In 1573 ondernam een Spaanse vloot een poging de blokkade te breken. Dit resulteerde op 11 oktober 1573 in de Slag op de Zuiderzee, die plaatsvond in de buurt van Hoorn en Marken. De Watergeuzen behaalden een glorieuze zege die als een vroeg keerpunt in de Tachtigjarige Oorlog kan worden gezien. Nadat Amsterdam in 1578 ook de zijde van opstandelingen had gekozen, kon de stad uitgroeien tot een zeer belangrijk handelscentrum.