In 1858 verzocht H.F.J. ter Schouw, de pastoor van Emmeloord, de regering om Schokland te ontruimen. Volgens hem was de economische situatie op het eiland vrijwel uitzichtloos. Regering en parlement waren het met Ter Schouw eens. Op 16 december 1858 bekrachtigde koning Willem III een wet waarin de ontruiming van Schokland werd aangekondigd. In de zomer van 1859 hadden alle 650 Schokkers hun eiland verlaten. Ongeveer 470 van hen vestigden zich in het dorpje Brunnepe, net buiten Kampen. 130 Schokkers gingen in Vollenhove wonen. Ook trokken er kleine groepjes naar Volendam, Deventer, Zwolle en andere plaatsen.
Om te voorkomen dat de Schokkers naar hun eiland zouden terugkeren, had de regering alle huizen opgekocht. Na de ontruiming werden bijna alle gebouwen afgebroken. Alleen de hervormde kerk en pastorie op de Middelbuurt, enkele woningen in het noorden en de lichtwachterswoning op de Zuidpunt bleven overeind.