Ens werd begin 17de eeuw protestants, maar Emmeloord is altijd een katholieke enclave gebleven. In 1622 werd de pastoor van Emmeloord door de Staten van Overijssel gesommeerd het eiland te verlaten en werd het altaar in de katholieke kerk afgebroken. Maar katholieke priesters brachten vaak bezoeken aan Emmeloord, om er de mis op te dragen, huwelijken in te zegenen en kinderen te dopen.
Schokland was op religieus gebied dus in tweeën gedeeld. Wel kwamen er gemengde huwelijken voor; de Schokkers spraken zelf van ‘gespikkelde’ huwelijken.
Op Schokland hebben in het verleden diverse kerken gestaan. Daarvan is er nu nog maar één over, namelijk het hervormde kerkje dat in 1834 op de Middelbuurt werd gebouwd. Het stenen kerkgebouw is tegenwoordig onderdeel van Museum Schokland.