In de twaalfde eeuw begon het Nederlandse deltagebied zijn definitieve vorm te krijgen. In het huidige IJsselmeergebied bevond zich het Flevomeer dat na het vertrek van de Romeinen in de vijfde eeuw de naam Almere kreeg. Door een aantal stormvloeden kwam het Almere in verbinding te staan met de zee: Almere werd Zuiderzee, een naam die voor het eerst opduikt in een oorkonde uit 1272. Door de getijdenwerking en talloze stormvloeden ging in de late Middeleeuwen veel land verloren. Oude bronnen en bewoningssporen wijzen erop dat in het huidige IJsselmeergebied enkele dorpen door de zee werden verzwolgen. Oude benamingen als Ruthne, Marcnesse, Nagele, Emelwerth, Bidningahem, Suiftarbant en Seaewald vinden we tegenwoordig terug in de namen van dorpen in de provincie Flevoland. Het landverlies werd overigens in niet geringe mate veroorzaakt door menselijke activiteiten, vooral veenontginningen. Rond 1450 kreeg de Zuiderzee min of meer haar definitieve vorm.