Jan Lely was de oudste zoon van Cornelis Lely. Hij studeerde aan de Technische Hogeschool in Delft en trad daarna in dienst van Rijkswaterstaat. In 1918 werd hij directeur van Gemeentewerken in Den Haag. In 1930 volgde hij J.A. Ringers op als directeur en hoofduitvoerder van de Maatschappij tot Uitvoering van Zuiderzeewerken (MUZ).
Jan Lely kwam in 1945 bij Nootdorp om het leven, toen Britse vliegtuigen de spoorweg waar hij net langs fietste bombardeerden.
Zie ook de biografie van Jan Lely in het Biografisch Woordenboek Waterschrijvers van J.D. van der Tuin.