Henk van Willigen studeerde bouwkunde aan de Technische Hogeschool Delft. Na zijn afstuderen werkte hij enige tijd als architect bij Lucas & Niemeyer, een architectenbureau in Voorburg/Rijswijk. In 1968 trad hij in dienst van de Rijksdienst voor de IJsselmeerpolders.
Van Willigen was nauw betrokken bij het maken van plannen voor de grote stad in het zuidwesten van de IJsselmeerpolders, het latere Almere. Hij was één van de auteurs van het rapport Verkenningen omtrent de ontwikkeling van de nieuwe stad Almere in Flevoland, dat in 1972 bij de oprichting van het Projektburo Almere als startdocument klaar lag. Zelf trad Van Willigen ook toe tot dit Projektburo. Hij was nauw betrokken bij de plannen voor Almere Haven. Vanaf 1976 hield hij zich bezig met de plannen voor Zeewolde. In 1978 raakte hij betrokken bij de plannen van Almere Stad.
In 1992 trad Van Willigen vervroegd uit.