Jaap Boekee werd geboren in Zuid-Beijerland. In 1936 verhuisde hij met zijn ouders en twee broers naar Slootdorp, omdat vader Boekee als opzichter in dienst was getreden van de Directie van de Wieringermeer. In 1942 werd Boekee sr. benoemd tot ploegbaas in de Noordoostpolder, eerst bij Vollenhove en vanaf 1943 bij Marknesse. Bij de eerste uitgifte in 1947 kreeg hij een boerderij toegewezen (kavel S3).
Jaap Boekee werkte lange tijd voor de Directie van de Wieringermeer en later voor de Rijksdienst voor de IJsselmeerpolders (RIJP).