J.C. (Jan) van der Perk werd in 1950 geboren in Valkenburg (Zuid-Holland). Hij studeerde cultuurtechniek aan de Landbouwhogeschool in Wageningen (tegenwoordig Wageningen University & Research). In 1977, twee jaar nadat hij was afgestudeerd, trad Jan van der Perk in dienst van de Rijksdienst voor de IJsselmeerpolders (RIJP), waar hij hoofd werd van de sectie Stedelijke Recreatie van de afdeling Recreatie.
In 1982 werd Van der Perk hoofd van de afdeling Delta van de RIJP, die onder meer belast was met ontginning en inrichting van gebieden die ten gevolge van de Deltawerken waren drooggevallen. Vijf jaar later keerde hij met zijn gezin terug naar de IJsselmeerpolders, waar hij hoofd werd van de onderafdeling Landschapsbeheer van de afdeling Beplantingen. De familie Van der Perk vestigde zich in Zeewolde.
In 1989 werd de RIJP opgeheven. Enkele afdelingen fuseerden met de Dienst der Zuiderzeewerken tot Rijkswaterstaat, Directie Flevoland (later Directie IJsselmeergebied). Van der Perk maakte de overstap naar de nieuwe Directie, waar hij programmaleider werd bij de afdeling Planvorming & Projecten. Van 2001 tot 2011 werkte hij bij de Directie Oost-Nederland van Rijkswaterstaat, maar in 2011 keerde hij terug naar het IJsselmeergebied, waar hij hoofd van projectbureau Veluwerandmeren (IIVR) van Rijkswaterstaat werd.
Van 2012-2013 was Van der Perk directeur van het Natuur- en Recreatieschap Veluwerandmeren. Van 2014 tot 2015 was hij directeur van de Coöperatie Gastvrije Randmeren.
Van der Perk woont nog altijd in Zeewolde.