Jan Hoogendoorn werd geboren in Zwammerdam als zoon van Abraham Hoogendoorn (1890-1967) en Neeltje Breedijk (1891-1975). De familie verhuisde naar de Wieringermeer, waar vader Hoogendoorn bedrijfsboer werd. Jan Hoogendoorn vertrok in 1941 naar de Noordoostpolder en woonde achtereenvolgens in Ramspol, Kampen, Emmeloord en Marknesse. Uiteindelijk kreeg hij een eigen bedrijf toegewezen.
In 1942 trouwde Jan Hoogendoorn met Gerritje Nijkamp (1918-2012).